Voor het aanleggen en het gebruiken van een WKO zijn vergunningen noodzakelijk, het zijn namelijk aangewezen milieubelastende activiteiten onder de Omgevingswet. Het is afhankelijk van het soort systeem welke regels gelden.
Voor open-WKO systemen geldt een vergunningsplicht, het onttrekken van grondwater is namelijk een onderdeel van de milieubelastende activiteit. De vergunning wordt verleend door de provincie. In algemene rijksregels zijn instructievoorschriften opgenomen.
In het geval van een gesloten WKO-systeem kan de gemeente aanvullende of afwijkende maatwerk regels stellen. Vóór de inwerkingtreding van de Omgevingswet gold voor grote gesloten systemen een verplichte omgevingsvergunning beperkte milieutoets. Onder de Omgevingswet is dit veranderd, de gemeente regelt wanneer en waar een vergunningplicht geldt in het omgevingsplan.
