Afhankelijk van het soort WKO kan een vergunning noodzakelijk zijn. Dat is dan met name afhankelijk van het soort systeem. De omvang van het systeem en de lozingsroutes. Er kan dan een omgevingsvergunning beperkte milieutoets en/of een watervergunning vereist zijn.
Voor open WKO-systemen geldt in de regel dat een watervergunning is vereist. Er wordt in dat geval namelijk grondwater onttrokken. In het Waterbesluit zijn voorschriften opgenomen die het bevoegd gezag in een watervergunning voor een open systeem moet opnemen. Onder omstandigheden kan een vrijstelling worden verleend voor deze vergunningplicht.
In het geval van een gesloten WKO-systeem geldt voor grotere systemen ook een vergunningplicht. Voor kleinere systemen geldt een meldplicht. In het geval van individuele woningen van particulieren is dat een melding op basis van het Besluit lozen buiten inrichtingen. In het geval van bedrijven dient gemeld te worden op basis van het Activiteitenbesluit.
Daarnaast kan ook omgevingsvergunning beperkte milieutoets noodzakelijk zijn. Dat is met name het geval bij grote WKO-installaties dan wel op specifieke locaties.
